Vid sjukdom insjuknar djuren med feber och mjölkproduktionen stoppar upp. Smärtande blåsor i munhålan, klövrand mellan klövarna och även i bland på spenar utvecklas inom ett dygn. Detta medför ökad salivaproduktion och hälta, djuren vägrar äta på grund av smärtorna i munhålan.

Oftast kan symtomen vara mycket diffusa hos får och Getter, inte ofta är ända symtomen hältan, ofta kan man bara ana en viss förändring i klöverna utan att se något till blåsor eller annat, det kan alltså vara svårt att se om djuren har fått mul och klovsjukan.

I början är blåsorna rätt små men dom kan växa snabbt och gå i hop till en stor yta slutligen, vitaktig i färg och innehåller en halmfärgat vätska. Om dom sen brister blir det sår, rödaktiga erosioner omgiven av infekterad slemhinna. Detta kan vara svårt att skilja från andra sorters munsår. Dessa kan dock vara medverkande att "åldersbestämma" sjukdomen då deras utseende förändras med tiden.

Dödligheten är relativt liten av själva viruset, endast riktig unga djur riskerar att dö, men det kan komma andra bakterieinfektioner in via munsåren/såren på klövarna, och matvägran kan leda till andra problem. Sjukdomen är oerhört smittsam och tilltag måste tas för att hindra smittspridning. Smittan kan spridas över flera kilometer via luften, och kan föras med transportfordon, sko, kläder, i hud och hår på människan. Människan kan även bära med sig virus i svalget i mer än ett dygn. Både före och efter djuren insjuknar bär dom smitta med sig, och även en tid efter dom har blivit friska finns smittan med dom. Både kött och mjölk från djuren innehåller smittan. Såren efter blåsorna medför oftas en hög med följdsjukdomer då djuren blir som öppna portar för andra infektioner.

Vid misstanke skall man genast kalla in veterinär och omedelbart sätta gården under karantän och därmed vidta alla åtgärder man kan för att hindra smittspridning. Dörrar, fönster och andra ventilationsöppningar måste stängas, djuren man misstänker är sjuka samt tillhörande flock måste isoleras, inget personfordon eller djur får lämna gården/anläggningen. Nogrannt renhåll av en själv, byte till rena kläder och skor, och om möjligt sanera så fort det går. Anläggningen sätts sedan under tillsyn och allt av animalisk upphav (mjölk, kött, Ull, gössel osv osv) skall registrerast.

Om sjukdomen bekräftas på anläggningen händer följande:
Alla djur som kan drabbas måste avlivas och behörig myndighet kan även föreskriva att andra djur måste avlivas.
Prover måste tas, så många som behövs, för att ta reda på när smittan kom, var den kom från, kartlägga förflyttning av fordon och djur hur smittan kom till anläggning och så vidare.
Kroppar av djur som har dött skall omedelbart behandlas/destrueras.
Alla animaliska produkter (mjölk, kött, Ull, skinn, ägg, gödsel osv)skall behandlas så alla spår av viruset försvinner.  
Byggnader och fordon skall saneras nogrannt.

Mul och klövsjukan är forödande för en bonde, då så mycket förloras vid utbrott av sjukdomen. Det är svårt att förebygga mot en smitta som kan vara luftburen över många kilometer men alla kan vara medverkande vid att man byter kläder om man varit i ett fjös eller på en anläggning man inte har kännskap till, att man tvättar händer efter man hälsat på andra djur, vid att regelbunden sanera egen anläggning som bäst det går.